Het gemaal Lijnden is gebouwd in opdracht van de toenmalige Staatscommissie van beheer en toezicht voor de droogmaking van het Haarlemmermeer. Het gemaal is in 1849 in gebruik gesteld en genoemd naar Frans Godard baron van Lynden van Hemmen (1761-1845), opsteller van het plan op basis waarvan de uiteindelijke drooglegging van het Haarlemmermeer heeft plaats gevonden. Het gemaal heeft, samen met de qua technische opzet identieke gemalen Leeghwater en Cruquius, het Haarlemmermeer drooggepompt.
Oorspronkelijk was het gemaal uitgerust met een stoommachine van 360 pk., welke via gietijzeren balansen acht zuigerpompen aandreef (zoals nu nog is te zien bij het gemaal Cruquius), naar een ontwerp van Gibbs en Dean. De cylinder en de zuiger van de stoommachine en de zuigerpompen waren van de machinefabriek Harvey en Fox in Cornwall. De balansen en de ketels waren van Van Vlissingen & Dudok van Heel uit Amsterdam. Het gemaal heeft vele wijzigingen ondergaan. Reeds in 1878 werden de stoomketels vervangen, in 1893 gevolgd door een algehele vernieuwing van de installaties van het gemaal onder leiding van het Amsterdamse ingenieursbureau W.C. en K. de Wit. De stoommachine werd daarbij vernieuwd en de plunjerpompen werden vervangen door twee Gwynnes centrifugaalpompen met een capaciteit van 425 m3/min. elk bij een opvoerhoogte van 5,40 m. Deze werden geplaatst in nieuwe vleugels tegen de machinekamer, waarvan de omloop en de balansarmen werden verwijderd. In 1919 werd één pomp geëlektrificeerd. Daartoe werd de westelijke vleugel van de machinekamer met één travee vergroot. In 1954 werden voor beide pompen nieuwe Werkspoor dieselmotoren geplaatst, die reeds in 1967 zijn vervangen door twee achtcylinder Brons dieselmotoren type GVE 8 met een vermogen van 800 pk. In 1987 is tot slot één dieselmotor vervangen door een elektromotor, fabrikaat Leroy-Summer met een vermogen van 615 kW en werd de bedrijfsvoering geautomatiseerd.
In 2005 werd het gemaal na de ingebruikname van het ernaast gebouwde nieuwe gemaal Lynden buiten bedrijf gesteld. Eind 2012 is het gemaal door het Hoogheemraadschap van Rijnland overgedragen aan de Nationale Maatschappij tot Behoud, Ontwikkeling en Exploitatie van Industrieel Erfgoed (BOEi) dat het het gemaal restaureerde en het ketelhuis een herbestemming gaf als restaurant.