De afwatering van de Alblasserwaard verliep tot in de 13e eeuw langs natuurlijke weg. Via de veenstromen de Alblas en de Giessen vloeide het overtollige water naar de aangrenzende grote rivieren. Door het met de ontwatering gepaard gaande inklinken van de bodem ontstonden echter steeds vaker problemen bij hoge rivierwaterpeilen. Tegen het einde van de 13e eeuw namen deze problemen een dusdanige omvang aan dat het verhelpen hiervan op plaatselijk niveau door de diverse kleine polders niet meer mogelijk bleek. Dit leidde tot het tot stand brengen van twee grote afwateringseenheden, respectievelijk de waterschappen Overwaard voor het gebied dat van oudsher afwaterde op de Giessen en Nederwaard voor het op de Alblas afwaterende gebied. Door een besluit van graaf Floris V is in 1277 daarnaast tevens het overkoepelende Hoogheemraadschap van de Alblasserwaard opgericht. De afwatering van de Alblasserwaard in de Lek vond plaats op het laagste punt bij Kinderdijk. Hier kwamen de twee nieuw aangelegde hoofdwatergangen van de Overwaard (de Achterwaterschap) en de Nederwaard (de Nieuwe Waterschap), tot op de dag van vandaag slechts gescheiden door een smalle kade, samen. Bij lage rivierwaterstanden werd afzonderlijk, via een aantal sluizen, geloosd. Met enige aanpassingen heeft dit systeem tot omstreeks 1740 gewerkt. Vanwege het nog steeds toenemende lozingsprobleem ging men vervolgens over tot het aanleggen van hoge (berg)boezems. Om het water vanuit de lage boezem in de hoge boezem te kunnen malen werden er in totaal 16 polder(boezem)molens gebouwd. Deze molens vormen het unieke molenlandschap van Kinderdijk.
In 1868 kregen de molens hulp van twee stoomgemalen. Het Wisboomgemaal, genoemd naar de toenmalige voorzitter van het bestuur van de Overwaard C.B.Wisboom, bemaalde de Overwaard. Met behulp van vier schepraderen werd het water van de Lage Boezem van de Overwaard in de Hoge Boezem gepompt.
In 1924 werd de aandrijving geëlektrificeerd, waarbij de stoominstallatie en de naast het gebouw staande schoorsteen werden gesloopt. In het voormalige ketelhuis werden de transformatorruimte, de laagspanningsruimte en een werkplaats annex smederij ondergebracht. Op de plaats van de vroegere schepradkasten werden zijvleugels aan het gebouw gebouwd. Hierin werden twee stuks tweezijdig aanzuigende Pannevis centrifugaalpompen met een gezamenlijke capaciteit van 435 m3/min. geplaatst. De aandrijving vond plaats, via vlakke aandrijfriemen, door twee draaistroommotoren, fabrikaat EMF-Dordt, met een vermogen van 115-195 kW. In 1953 werd ter versterking nog een tweede elektrisch aangedreven gemaal ernaast gebouwd. Dit gemaal is inmiddels gesloopt.
Na het gereed komen van het nieuwe vijzelgemaal De Overwaard in 1995 is het gemaal Wisboom buiten werking gesteld. De toen opgerichte werkgroep “Wisboomgemaal” is er in geslaagd het gemaal, inclusief de installaties, te behouden. Vervolgens liet de toenmalige eigenaar het Hoogheemraadschap van de Alblasserwaard en Vijfheerenlanden het gemaal restaureren en gaf het een nieuwe bestemming. Daarnaast werd de monumentenstatus verworven. In 2002 is de werkgroep “Wisboomgemaal” opgevolgd door De Regionale Gemalenstichting Alblasserwaard en Vijfheerenlanden.